エージェント設定と会社設定両方にアプリ設定があり、どちらを設定すれば良いかわかりません

基本的にはエージェント設定と会社設定では、会社設定での設定内容が優先されます。

会社を新規作成した場合はその時点でのエージェント設定で設定している内容が新規の会社へ反映されます。

会社単位で設定を変更したい場合は、対象の会社を選択している状態で会社設定を変更してください。